生殖器皰疹是由單純皰疹病毒(HSV)感染所引起。單純皰疹病毒分為兩型即HSV-1和HSV-2。HSV-1通過唿吸道、皮膚和粘膜密切接觸傳染，主要引起口唇、咽、眼及皮膚感染，少數(約8%)亦可引起生殖器感染。

　　HSV-2則是生殖器皰疹的主要病塬體(88%)，存在于皮膚和粘膜損害的滲出液、精液、前列腺分泌液、宮頸、陰道分泌液中，主要通過性交傳染，引起原發性生殖器皰疹。當機體抵抗力降低或某些激發因素如發熱、受涼、感染、月經、胃腸功能紊亂、創傷等作用下，可使體內潛伏的病毒激活而復發。人類是皰疹病毒的單獨宿主，離開人體則病毒不能生存，紫外線、乙醚及一般消毒劑均可使之滅活。

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