為什么會發生乙肝病毒復制?在醫學上，病毒的繁殖被稱之為“復制”，這是因為它不像細胞和寄生蟲那樣通過細胞核分裂等方式繁殖，而是像我們鑄造機器零件一樣，按照一定的模具復制出來的。在復制的過程中，有兩個很重要的因素：一個是催化劑，另一個是模板。沒有這兩個因素，乙肝病毒就不能復制。
乙肝病毒復制的“催化劑”叫做乙肝病毒DNA聚合酶(HBV DNA-P)。這種酶存在于乙肝病毒的內核，與乙肝病毒的核心抗原(HBcAg)、e抗原(HBeAg)和病毒基因(DNA)共同構成乙肝病毒的核心。它的作用就是"催化"乙肝病毒基因按照一定的模板復制出DNA鏈。沒有這種聚合酶的作用，乙肝病毒的復制就會停止。因此，遏制乙肝病毒DNA聚合酶的藥物，即可直接遏制乙肝病毒的復制。
乙肝病毒復制的“原始模板”是cccDNA。乙肝病毒的基因組(DNA)是由兩條螺旋的DNA鏈圍成的一個環形結構。其中一條較長負鏈已經形成完整的環狀;另一條長度較短的正鏈，呈半環狀。在感染肝細胞之后，這條半環狀的DNA鏈要以負鏈為模板，在催化劑──乙肝病毒DNA聚合酶的作用下延長，最終形成完整的環狀。這時的乙肝病毒基因組就形成了一個完全環狀的雙股DNA。我們把這種DNA稱做共價閉合環狀 DNA(即cccDNA)，似乎可以把它看作是病毒復制的原始模板。模板形成后，按照模板的形狀復制新的病毒基因就很容易了。病毒基因會以其中的一條 cccDNA為模板，利用肝細胞基因中的酶和DNA聚合酶的"催化"，一段基因又一段基因地復制，形成負鏈、正鏈。最后再裝配到一起形成新的乙肝病毒DNA顆粒。