有人發現三叉神經痛患者齒狀突的位置平均較正常人為低。而顱底陷入是導致三叉神經痛的主要原因。對于原發性三叉神經痛的發病原因之機械壓迫學說指出，引發原發性三叉神經痛是由于三叉神經根受到巖骨嵴的壓迫所致。
2、血管壓迫：壓迫血管可能是腦底動脈和小腦上動脈，從而引發原發性三叉神經痛。這種三叉神經痛的發病原因是不明的顱神經麻痹，可由腦干附近的動脈壓迫所致。
3、面部神經陣痛的原因，神經髓鞘崩解可能引起相鄰兩纖維之間發生阻礙發生三叉神經痛，中樞傳出沖動可再通過阻礙成為傳出沖動，達到痛覺神經元的閾值而引起面部神經陣痛。輕微的觸覺刺激即可通過阻礙傳入中樞。
三叉神經痛僅限于三叉神經分布區，且多以單側發生，尤以面部右側高發。發病初期可先集中于三叉神經的某一分支，然后逐漸擴散到其他分支，但一般不擴散越過中線至對側。如第一支的疼痛在上眼瞼和前額部位，第二支的疼痛在上唇、齒齦、面頰部位等。