前列腺囊腫是由于前列腺腺體先天性或后天性的原因而發生的囊樣改變，所以可以據此將前列腺囊腫分為先天性囊腫和后天性囊腫。
先天性囊腫為副中腎管退化不全或稱前列腺小囊，在正中線融合，膀胱下的正中線附近形成一個很深的憩室或囊腫，開口于前列腺尿道的后方。
后天性囊腫系由堅韌的前列腺基質導致腺泡不完全或間斷性梗阻，逐漸使腺泡上皮變厚，終至發生潴留性囊腫，其中有寄生蟲性囊腫、炎性潴留囊腫和前列腺癌退行性變形成的囊腫等。
后天性囊腫可發生于前列腺的任何部位，或突出至膀胱頸部，直徑為1～2厘米。囊腫內多為澄清的液體。