醫院分為北區和南區。北區〔總院〕位于合肥市長豐路78號風景秀麗的南淝河畔，該院傳染科（肝病）就設立于此。南區〔分院〕位于合肥市金寨路。全院占地67000平方米，建筑面積66900平方米，設置臨床一級專業科室16個，二級專業科室19個，醫技科室16個，展開床位550張。是安徽省暨合肥市城鎮職工基本醫療定點醫療單位，武警安徽醫學院臨床教學醫院，多次被省市政府授予擁政愛民先進單位和精神文明建設先進單位榮譽稱號。
一、堅持科學發展觀 造就軍中肝病強勢學科
武警安徽省總隊醫院在部隊領導班子的帶領下，堅持以科學發展觀為指導，以全軍醫療資源為依托，充分利用武警醫院良好的科研環境和軍隊創新政策優勢，緊緊圍繞國家“十五”科技發展規劃和國家創新體系建設目標，積極整合部隊科技資源，凝聚高水平人才團隊，不斷完善運行管理機制，率先引進了國際大型優秀診療設備，大力推進部隊高水平科研基地建設，全軍前沿科研技術成果的臨床應用，實現了肝病科研技術成果及臨床診治水平的跨越式發展，造就了全軍肝病優秀強勢學科！
醫院肝病特色診療享譽國內軍區內外，年完成門診量突破4萬余人，收治軍、地病人35000余人次，臨床康復病人高達數萬，病人收治量每年以兩位數的增長率持續遞增，多項新服務、新技術達軍內外優秀水平。為保證地方基礎醫療工作，開展重大傳染性肝病疫情防治，組織重大戰備醫療提供了堅實保障。
二、薈萃軍中名醫 鑄就強大肝病診療專家方陣
新世紀新階段，在黨中央、中央軍委和胡主席的正確領導下，我院把選拔培養高層次專業技術人才作為人才隊伍建設的戰略抓手，精心籌劃、強力推進，迎來花開千樹、碩果盈枝的喜人景象：目前，我院擁有專業技術干部近300人，其中具有高級技術職務42人，中級技術職務120人，碩士生導師6人，博士生6人，碩士生36人。醫院傳染科全科學習科研氛圍濃厚，在國家、軍隊優秀醫學刊物發表論著及經驗總結百余篇，獲國家部級以上科技進步獎3項，軍隊臨床科研成果獎2項。院士專家活躍軍營，博士碩士列陣演兵場，為建設信息化軍隊、打贏信息化戰爭提供了堅強有力的人才保證和智力支持。
三、依托部隊優質醫療資源 肝病特色診療享譽全軍內外
武警安徽省總隊醫院集合了國內武警部隊三個醫學專科中心。傳染科肝病診療已拓展到肝病常見病、多發病、疑難雜癥數十個病種，圍繞抗病毒技術、生物免疫技術、細胞治療技術、分子免疫學、射頻消融治療技術構建了5大優勢學科群；在乙肝、等病毒性肝炎、急慢性肝炎、脂肪肝、酒精肝、肝損傷、肝纖維化、肝硬化、重癥肝炎及肝癌搶救治療上形成了鮮明的技術特色，為安徽乃至國內的肝病宣傳及防治工作做出了突出貢獻！
近期醫院開展的射頻消融治療肝癌技術是目前肝腫瘤非手術治療較好的方法，其臨床上的安全性、有效性在國內外臨床實踐中得到廣大醫師和病人的認可。特別是早中期的小肝癌已經可以部分取代外科手術，而對于10CM以上大肝癌和血管瘤也能一次性取得滿意的治療效果。安徽武警醫院運用多極射頻消融術已成功治療多例晚期肝癌患者！目前此儀器和技術在合肥市尚屬首例，在國內也并不多見。
四、引進國際高尖設備 **國內肝病規范化診療
武警安徽省總隊醫院配有各類國際高端診療設備總價值逾4億余元，擁有省內最大的高壓氧艙，人工肝、肝病治療儀、RFA多極射頻消融系統、核磁共振〔MRI〕、腹部和心臟彩色B超、四維彩色B超、人工腎機、多功能麻醉機等大、中型醫療儀器設備1000余臺〔套〕。并斥巨資引進了美國乙肝病毒基因全自動檢測系統、芬蘭微量熒光檢測儀、日本產擴增儀定量檢測系統、美國全自動生化檢測系統、德國生物信息肝病治療系統等一大批高科技檢測治療設備，可進行各類疾病病菌的基因特性、變異性、活性水平等進行全面鑒定，為各類肝臟疾病的準確診斷和科學化、規范化治療提供了精準依據。
五、以人為本 構建和諧就醫環境
武警安徽省總隊醫院始終堅持“科技興院、質量醫院”方針，按照“院有重點、科有特色、人有專長”和“人無我有、人有我精、人精我新”的科技發展之路，不斷推進醫院建設科學、持續和又好又快發展，醫院綜合實力逐年穩步提升。先后被評為國內擁政愛民先進單位，國內部門造林綠化400佳單位，國家級愛嬰醫院，創建國家衛生城市先進單位；全軍環境保護先進單位，綜合治理先進單位，計劃生育先進單位；武警部隊先進醫院，抗擊“非典”先進單位，武警醫學院和安徽中醫學院臨床教學醫院。南京大學附屬鼓樓醫院合作單位；省市城鎮職工、居民醫療、生育、工傷醫療保險定點醫療單位。多次被省市政府評為擁政愛民先進單位，精神文明建設先進單位等。
2009年8月，為貫徹落實國家衛生部《關于在公立醫院施行預約診療服務工作的意見》，武警安徽省總隊醫院率先在安徽地區三甲醫院中開展“網絡咨詢、在線掛號”服務制，并按照《意見》要求，在預約掛號時采取實名制方式，按制度規范專家出診，堅持以人為本，構建和諧就醫環境，把為民服務落到實處。
