男性非淋菌性尿道炎癥狀比淋病輕，尿道有刺癢感或灼熱感，偶有刺痛感，尿道口有分泌物，但較淋病的分泌物稀薄，為清稀狀或淡黃色，分泌物量也較淋病少。在長時間未排尿或晨起首次排尿前才逸出少量分泌物，有時僅表現為褲襠污染，有時病人無任何自覺癥狀。

但男性非淋菌性尿道炎會伴隨多種并發癥

1、前列腺炎：急性期排尿有較劇烈的疼痛感，并向尿道、陰囊和臀部方向放射。直腸有墜脹。也可合并排尿困難和陰莖痛性勃起，少數伴有發熱或全身不適。直腸指檢有前列腺腫大和壓痛。尿中可出現透明絲狀物或灰白色塊狀物。多數患者開始時即為慢性表現，表現為排尿不適、有會陰部、腹股溝、恥骨聯合上部、腰背部的輕微疼痛或酸脹感。檢查時前列腺呈不對稱腫大、變硬或硬結。

2、附睪炎：可分急性和慢性。急性非淋菌性附睪炎較少見，發生率為1%，常與尿道炎癥同時存在，多為單側性。表現為附睪腫大，變硬，輸精管增粗、觸痛，也可有陰囊水腫。慢性期時，附睪尾部可有硬結和精索增粗。常可因性生活過度和酗酒等誘因引起急性發作。附皋炎時血清抗體有明顯增高，因此，血清學檢查對附睪炎的診斷有較大意義。

3、精囊精索炎：常與前列腺同時存在。其臨床表現與前列腺炎相似，同時有精液帶血、射精痛和遺精次數增多等癥狀。直腸指檢可發現前列腺上界兩側壓痛、腫脹或有條束狀物。