盡管生殖器皰疹這種疾病比較復雜，但是在診斷上卻并不難，基本上來說，就是根據專業的臨床檢查項目做為主要依據，其次是根據患者的具體癥狀表現做為參考，基本上診斷率都是非常準確的。
生殖器皰疹，是由單純皰疹病毒感染泌尿生殖器及肛門部位皮膚黏膜引起的一種性傳播疾病。單純皰疹病毒有1型和2型，1型皰疹病毒是引起口唇皰疹的病原微生物，但是大多數生殖器皰疹是由2型病毒引起的。生殖器皰疹的臨床表現多樣，有的人外生殖器會出現丘疹、水皰、糜爛、潰瘍等典型癥狀，有些人卻表現為非特異性紅斑、丘疹、毛囊炎等不典型皮損，還有一部分人則是沒癥狀的病毒攜帶者。對于不同的表現癥狀，專家給出了相應診斷方法，便于及時確診。
診斷生殖器皰疹常用的方法：
1.電鏡檢查生殖器皰疹。這是檢查是否患上生殖器皰疹的常用檢查方法之一。
2.皰疹病毒的血清學診斷方法。這種方法主要是檢測生殖器皰疹特異性抗體。這也是生殖器皰疹的檢查的方法。
3.細胞學診斷方法。這種方法是取病損基底處細胞作涂片用瑞特姬姆薩或帕氏染色，尋找大的多核巨細胞和多核巨細胞核內嗜酸包涵體，這是一種科學的方法，非常有助于診斷。
4.皰疹病毒的細胞學檢查生殖器皰疹方法。就是取細胞作涂片，加熒光標記的HSV-1及HSV-2型單克隆抗體，熒光顯微鏡下查到多核巨細胞內發蘋果綠色熒光的病毒包涵體可作出生殖器皰疹診斷。
5.皰疹病毒組織培養檢查生殖器皰疹方法：用人胚成纖維細胞、人羊膜細胞、腎細胞等作病毒分離培養，用免疫熒光法進行鑒定，可以確認，但操作復雜，費用昂貴。
生殖器皰疹也可以說是由病毒所引起，因此，其治療的重點就是殺毒，目前來說，主要的治療方式就是，針對病毒的類型進行專業的殺毒，必要的情況下，還會以心理治療做為輔助治療，而中醫的治療方式僅對一部分患者有明顯的效果。