包莖及包皮過長
兩種畸形的包皮雖然都覆蓋陰莖，但是有包莖者其包皮不能翻至龜頭以上。新生兒的包皮與陰莖的粘連一般在出生后2～3年就可自然消失，這是一種正常的生理現象。包皮過長則只有用手將包皮上翻或當生殖器充分勃起，冠狀溝才能露出，平時則包攬整個龜頭。
生殖器官短小
生殖器官先天性發育不良或外傷后部分斷離，從而造成生殖器官明顯短小，生理反應(即勃起時)達不到正常人長度者。生殖器官短小的人，其第二性征發育多較差，陰莖多存在勃起障礙，嚴重者甚至還有排尿困難。
精索靜脈曲張：因精索靜脈血液淤積而造成精索蔓狀叢血管擴張，迂曲或變長。這種病多數是由精索內靜脈血液返流引起，主要癥狀是站立、行走過久或重體力勞動后，出現陰囊下墜、脹痛、陰囊內曲張靜脈形似蚯蚓團塊。患者畸形精子增加，可導致不育。
隱睪
一側或兩側睪丸未降入陰囊而停留于下降途中任何部位。在陰囊里找不到睪丸，就發生了隱睪癥。雙側隱睪可造成男性不育;單側隱睪也會影響生育能力，還易發生惡性病變。目前臨床上為方便診斷，把隱睪劃分為五個類型，即：睪丸下降不全型、睪丸發育不良型、垂體功能不全型、攣縮性睪丸以及睪丸異位。
鞘膜積液
是鞘膜分泌過多或吸收過少致陰囊液體貯積所形成。炎癥、外傷、腫瘤等陰囊和睪丸病變均可引起鞘膜積液。根據發生的部位分為四類：一是睪丸鞘膜積液;二是交通鞘膜積液;三是精索鞘膜積液;四是混合鞘膜積液。