自腹腔鏡廣泛應用于臨床以來，對子宮內膜異位癥的治療起到了積極作用。腹腔鏡不僅可以發現早期疾病，還可在腔鏡下治療，即診斷和治療同時進行，且避免開腹手術之弊，還可避免盲目用藥延誤病情。治療子宮內膜異位癥的藥物較昂貴，并有一些副作用，病人需用藥3～6個月。所以，現在治療子宮內膜異位癥首先應選腔鏡下診治，以求盡量去除異位病灶，然后用藥鞏固治療。
根據腹腔鏡對子宮內膜異位癥的治療方法，可以分為如下3種：
保留生育功能手術 適用于年輕、有生育要求的患者。手術范圍為盡量切凈或灼除內膜異位灶，但保留子宮及雙側、一側或至少部分卵巢。常施行的手術有卵巢巧克力囊腫(子宮內膜異位癥的一種)剝除術、盆腔粘連松解術、盆腔點狀內膜異位灶灼除術，同時可行輸卵管通液術(此術對解除因輸卵管堵塞造成的不孕有益)。
保留卵巢功能手術 將盆腔內病灶及子宮予以切除，以免子宮內膜再經輸卵管逆行種植和蔓延到腹腔，但要保留至少一側卵巢或部分卵巢，以維持術后患者的卵巢功能。此手術適于45歲以下但無生育要求的重癥患者，術后應加用藥物治療。
治療性手術 即把子宮、雙側附件(輸卵管、卵巢等)及盆腔內所有的內膜異位灶予以切除，適于45歲以上近絕經期的重癥患者，術后可不再用藥。