1.隱深部位的感染：由于致病菌隱藏于組織深層，以及潛藏于尿道隱窩、尿道旁腺等部位，使得藥物很難對其全面殺死，給康復(fù)留下了后患。同時急性尿道炎有可能伴發(fā)前列腺炎，當尿道炎治療后，仍可因來自前列腺的感染而復(fù)發(fā)。

　　2.潛伏隱匿感染：部分微生物引起的尿道炎經(jīng)抗生素治療后，因藥效和療法的缺陷，在飲酒、勞累、精神緊張等因素出現(xiàn)時，可能誘使?jié)摲虏【敝常瑥亩霈F(xiàn)癥狀，即尿道炎復(fù)發(fā)。

　　3.致病菌耐藥：由于發(fā)病初期治療不規(guī)范，盲目用藥、破壞內(nèi)環(huán)境，并造成細菌耐藥，療效不佳，時好時壞，導(dǎo)致持續(xù)的尿道炎發(fā)生。

　　4.并發(fā)癥的影響：如若病情反復(fù)，長期炎性損害，造成尿路黏膜、腎盂腎盞受損、纖維化、變形，尿路梗阻、畸形，影響了正常的尿液引流和治療，都給尿道炎的治療帶來影響，使得傳統(tǒng)的藥物治療療效不佳，治療更加困難。