青島保障基地醫院專家指出：慢性胃腸炎的主要病因主要有下述幾方面：

感染因素：進食被細菌或其毒素污染的食物。常見的致病細菌有沙門氏菌屬副溶血弧菌（嗜鹽菌）幽門螺旋桿菌，以及某些流感病毒和腸道病毒等。在感染胃腸毒素中以金黃色葡萄球菌毒素為最常見。沙門氏菌屬常在肉、及蛋中生長。副溶血弧菌主要在蟹、魚、螺、海蜇等海產品咸菜中，天熱久置的飯菜，奶、肉食適宜于葡萄球菌繁殖及腸毒素的產生。

物理化學因素：物理因素如進食過熱、過冷粗糙的食物，X線照射等。化學因素如烈酒咖啡、濃茶、香料及某些藥品均可損傷胃粘膜，引起炎癥性改變。

精神、神經因素：精神、神經功能失調，各種急重癥的危急狀態，以及機體的變態（過敏）反應均可引起胃粘膜的急性炎癥損害。

其他引起急性胃腸炎的原因如：暴飲暴食、過度疲勞、受涼等使機體抵抗力下降或胃粘膜屏障遭受破壞，易于受以上因素侵襲而發病。