生殖器皰疹感染主要發生于生殖器部位，患部先有燒灼感，很快在紅斑的基礎上發生成群的小水皰，多見男性包皮、龜頭、冠狀溝、陰莖等處，偶見于尿道。
生殖器皰疹感染于女性常見于陰唇、陰蒂、陰道、宮頸等處。水皰可逐漸變成膿皰，約6天左右破潰而形成糜爛或淺的潰瘍，自覺疼痛。病人可發生尿道炎，出現排尿困難。多數人有腹股溝淋巴結腫大疼痛，有的病人可出現發熱、肌肉痛及腦膜炎癥狀。
1、女性特征：女性皮損則出現在外陰、大小陰唇、陰道、陰蒂、宮頸，也可發生于肛門、直腸及尿道。孕婦患病會由胎盤傳染給胎兒，造成后代發生先天性畸形或產生先天疾病。
2、男性特征：男性的包皮、龜頭、冠狀溝和陰莖等處會出現丘疹或水皰，數日后演變為膿皰，破潰后形成糜爛或淺潰瘍，自覺疼痛。
3、全身特征：不論性別，病人均會出現發熱、頭痛、頸項強直、腦膜炎和骶部神經系統功能不全。