卵巢囊腫是卵巢腫瘤的表現形態之一，卵巢囊腫絕大部分為良性腫瘤。臨床醫學發現，其發病因素可能與遺傳、環境及生活方式和內分泌等因素有關。
1、遺傳因素：據統計，20-25%的卵巢腫瘤患者又家族史。
2、環境及生活方式因素：食物的污染，如蔬菜等使用的植物生長激素，如家畜家禽等配方飼養中瘦肉精類的激素成份。研究還發現，歐美國家卵巢腫瘤的高發病率可能與食物中膽固醇含量高有關系。近年來我國隨著生活水平的提高及飲食習慣的西化，及一部分中親年女性濫用諸如豐乳、減肥、及減緩衰老等的激素類藥物及滋補品，使卵巢腫瘤呈高發性、年輕化趨勢也有可能有關。
3、內分泌因素。卵巢雖小，卻是產生卵子并排卵、內分泌激素、平衡內分泌的重要器官，卵巢腫瘤多發生于內分泌旺盛的生育年齡。所以認為與內分泌失調有關。
另外，還有因體質酸化身體發生其他組織的癌變，又因身體機能下降，身體組織液酸化，造成了卵巢囊腫。