引起慢性咳嗽的原因是咳嗽變異性哮喘。它是一種特殊類型的哮喘，咳嗽是其主要表現。此類型的哮喘很容易被人們忽視，因為其沒有明顯的氣喘、胸悶的癥狀，從而容易被誤診，延誤病情，錯過比較好的治療時機。咳嗽變異性哮喘患者表現出明顯的氣道高反應性，通常表現為刺激性干咳，特別是受到冷空氣、油煙等的刺激容易發作。其主要特征是夜間咳嗽，只有按氣管炎的治療方法才可緩解咳嗽癥狀。
嗜酸性粒細胞性支氣管炎，據調查此病是慢性咳嗽的首要病因。嗜酸性粒細胞性支氣管炎是以氣道嗜酸粒細胞浸潤為特征的非氣管炎性支氣管炎，主要表現為慢性刺激性咳嗽、干咳或含有少量的白色黏液痰。患者的氣道高反應性呈陰性，咳嗽可發生在任何時候，患者對冷空氣、異味、油煙等較敏感，是誘發咳嗽的因素。
胃食道反流會引起的慢性咳嗽，此類型的咳嗽稱之為胃食管反流性咳嗽。其是由于胃酸和其他胃內容物反流進入食管而導致的咳嗽。有很多胃食管反流的患者以咳嗽為主要表現，咳嗽大多發生在白天和直立位的時候，有時還會伴有少量的白色粘液。一般是由于進食酸性、油膩的食物引起的。
最后一種便是由于上氣道咳嗽綜合征引起的慢性咳嗽。此類咳嗽是由于鼻部疾病引起的分泌物倒流鼻后和咽喉等部位引起的咳嗽。除了鼻部疾病外，咽喉部位的疾病也可引起上氣道咳嗽綜合征，如變應性或非變應性咽炎、喉炎、咽喉部新生物、慢性扁桃體炎等。