印度尼西亞地震與印度洋海嘯過后，飲水水源污染，水質變差。洪水將大量人畜糞便、垃圾、動物尸體沖入水中，水中生物性污染急劇增加。大批災民集中在臨時住所，供水設施破壞，沒有安全衛生的飲用水源，飲用水凈化劑、消毒劑供應不足，蚊蠅孳生，居住擁擠，環境條件惡劣，加之災民疲勞、心理創傷等因素，免疫力下降，增加了腸道傳染病感染機會，導致腹瀉發生，細菌性痢疾、傷寒、霍亂、甲型與戊型肝炎等腸道傳染病有可能流行。食品衛生狀況惡化，造成食源性疾病的發生和流行：如痢疾、傷寒、霍亂、肝炎、脊髓灰質炎等傳染病發病率上升。由于兒童的生活衛生習慣差，抵抗力低，極易患感冒、麻疹、流腦及感染性腹瀉。由于洪水淹沒和長時間陰雨，糧食污染霉變和腐敗嚴重，食物中毒、毒蘑菇中毒和亞硝酸鹽中毒等急劇上升。災民食用淹死、病死的家畜家禽和水產品增加了食物中毒因素。類鼻疽是由類鼻疽伯克氏菌所感染之疾病也可能在災后流行，此致病菌以腐生之方式存在于特定的土壤或水中，許多不同的動物均可能被感染，包括羊、馬、豬、猴、嚙齒類、鳥類等。人畜共患傳染病炭疽也可能重新發生。房屋倒塌，人口遷徙，易造成鼠疫、流行性出血熱等鼠傳疾病流行。露宿使人們易受到吸血節肢動物襲擊，蟲媒傳染病的發病可能會增加，如瘧疾、乙型腦炎和登革熱。人口居住的擁擠狀態，有利于人與人之間密切接觸傳播的疾病流行，如麻疹、肝炎、紅眼病、疥瘡和皮膚病。禽流感最近在東南亞反復出現，也有流行趨勢。接觸污染水源或河渠、湖泊淺灘的疫水又可能感染鉤端螺旋體病和血吸蟲病。此外，熱帶地區會出現阿米巴痢疾、藍氏賈弟鞭毛蟲感染、彎曲菌腸炎和輪狀病毒腹瀉，還要預防中暑和蛇蟲咬傷。

　　世界衛生組織(WHO)官員表示斯里蘭卡與印度均報道腹瀉病例，且數量在不斷增加。斯里蘭卡除了霍亂之外，更出現痢疾個案。世界衛生組織警告，如果疫情失控，病死的人可能會比海嘯死亡人數更多。盡管已經進行了大規模的麻疹預防注射，7日位于印度海嘯災區的Andamans難民營發現了13名麻疹患兒，在Tamil Nadu發現15名麻疹兒童病例。水痘也有散發病例。WHO于1月10又確診兩例麻疹，均來自印度尼西亞班達亞齊(Banda Aceh)的Sumatra島，但來自兩個村莊，彼此間無相關性。工作人員已經對附近1200名人員進行了預防接種，以預防疾病的蔓延。聯合國兒童基金組織也已經對近6000名劫后余生者進行緊急預防注射。最近幾年印度尼西亞已有多次麻疹暴發流行，但絕大多數兒童均未注射過疫苗，如地震前班達亞齊僅25%兒童注射過麻疹疫苗。災后惡劣的環境與擁擠的人群更容易造成麻疹傳播。