1，根除幽門螺桿菌治療：適用于伴有胃粘膜糜爛、萎縮及腸化生、異型增生者;伴有消化不良癥狀者，伴有胃癌家族史者。推薦應用3聯療法根除幽門螺桿菌。幽門螺桿菌根除治療的理想方案應是：聯合用藥，療程7～10日，幽門螺桿菌根除率達到或超過90%，不易產生耐藥性，費用低廉，效果持久，不易復發。現主要采用質子泵遏制劑加兩種抗生素，如奧美拉唑與克拉霉素和甲硝唑聯合應用根除幽門螺桿菌。
2，對消化不良的治療：慢性萎縮性胃炎伴有消化不良的癥狀者，可給予抑酸抗酸、促胃腸動力藥，胃粘膜保護藥硫糖鋁，枸櫞酸鉍鉀等及中藥等。
3，對自身免疫性胃炎的治療：目前尚無特異治療，伴有惡性貧血時給予注射維生素B12.
4，對異型增生的治療：異型增生是胃癌的癌前病變，對重度異型增生應該預防性手術，目前我國多采用內鏡下粘膜切除術。
5，中醫中藥治療：萎縮性胃炎屬中醫的痞滿，胃脘痛的范圍，難以治療，應根據患者實際病情給予辯證論治，一般給予升清降濁，清熱養陰，消積通瘀治法。
6，針灸治療：可取穴足三里，肝俞，胃俞，近年來有報道向穴位注射黃芪、當歸注射液后，可使幽門螺桿菌陽性的萎縮性胃炎患者免疫球蛋白和補體的含量由高值恢復至正常值。顯示出針灸療法對機體免疫的調節作用
慢性萎縮性胃炎患者，不論其病因如何，均應戒煙忌酒，避免使用損害胃粘膜的藥物，特別是NSAID,如阿斯匹林.飲食宜規律，避免過熱、過咸和辛辣食物，積極治療慢性口、鼻、咽部感染病灶。保持良好的心情狀態。避免高脂肪食物，因為高脂肪食物、酒、糖類、巧克力會使括約肌放松，造成回流，所以如果你有胃灼熱的癥狀，就應避免這些食物。同時細嚼慢咽助消化，細嚼慢咽對消化一定有幫助，你應該徹底咀嚼食物，使食物充分與唾液混合，用餐時避免有壓力，可以使你的消化作用有一個好的開始。飲食有規律，注意飲食調理養護，有規律地定時定量進食，以維持正常消化活動的節律。切不可饑一頓飽一頓或不吃早餐，尤其應避免暴飲暴食。