陰莖的大小是由海綿體大小和膨脹結構大小決定的，陰莖海綿體發育不良是造成陰莖過小的原因。此外還有一線先天和后天的原因。
1、遺傳基因的影響為根本。
2、在母體懷孕期間因用藥不當影響到雄性激素的分泌，產生先天不足，缺乏健壯性機能的營養和原素，形成先天發育不良。
3、青少年發育期間攝入的鋅原素、雄性激素、維生素E和相關蛋白營養不足，缺乏后天能量補充，起不到壯大性生殖的作用。
4、內體寒、怕冷、體內陽氣嚴重不足，致使陰莖不能完全凸出，有部分陰莖仍內縮于腹腔內。
5、性生活過度、身體虛弱或在青少年剛發育期間手淫過頻，使腎臟在發育時無能量去壯大發育性生殖器，形成陰莖過小。
6、曾患有睪丸炎、隱睪癥、睪丸發育不全等癥及內分泌不平衡，雄性激素不足。
7、包皮過長，缺乏生長的必要空間，陰礙陰莖的發育生長。