三叉神經痛和舌咽神經痛癥狀相似，一些非正規醫院，在臨床上出現過二者誤診的現象。其實三叉神經痛和舌咽神經痛是兩種完全不同的疾病，可以從癥狀表現、發病原因和治療方式三個方面對它們進行辨別。
1、癥狀表現
三叉神經痛：驟然發作，無任何先兆，多為一側。發作時，疼痛劇烈如刀割、電擊一樣,持續數秒至 1- 2分鐘，常伴有面肌抽搐、流淚、流涎、面潮紅、結膜充血等癥狀。
舌咽神經痛：疼痛多由咽部或扁桃體開始，放射至同側外耳道、耳后及下頜角。劇痛常由進食、吞咽、說話、咳嗽及下頜關節活動引起。可由進食、飲水、說話等誘發，多無神經系統陽性體征。部分可見因不敢進食而嚴重營養不良。患者病史、發作時的典型表現頭顱CT、MRI等影像學檢查排除繼發于顱內腫瘤、莖突過長的可能性排除三叉神經痛等其它面部疼痛性疾病。
2、發病原因
三叉神經痛：原發性三叉神經痛是指找不到確切病因的三叉神經痛。繼發性三叉神經痛，是指由于腫瘤壓迫、炎癥、血管畸形引起的三叉神經痛。
舌咽神經痛：舌咽神經痛多由于顱內腫瘤、動脈瘤、動靜脈畸形、肉芽腫等導致，也可繼發于莖突過長等。目前已知導致血管壓迫舌咽神經可能的危險因素有：高齡、高血壓、動脈粥樣硬化、后顱窩容積小、遺傳等。
3、治療方法
三叉神經痛：目前治療三叉神經痛最理想的方法是北京嘉澤東博三叉神經醫學研究院開展的無痛介入新療法，精準定位治療，無風險，安全可靠，全程無痛治療，疼痛即刻消失不復發，不開刀不手術，不用住院隨治隨走，已經成功治愈兩萬余例三叉神經痛患者。
舌咽神經痛：藥物治療、手術治療、封閉療法、射頻熱凝術、針灸療法，可以起到暫時止痛的效果。