男性不育癥的原因之多，也不是沒有分類。男性不育癥主要分為三大類：即性功能正常性不育癥、性功能障礙性不育癥、遺傳性疾病引起的不育癥。
性功能正常性男性不育癥，主要是由精液異常引起。主要包括導致少精子、無精子的原因有隱睪、精索靜脈曲張、染色體異常、毒性藥物、不良生活習慣、不良生活環境等因素，引起睪丸產生精子功能障礙，先天或感染因素所造成的精子輸出的通道梗阻等;
性功能障礙性不育癥主要為精子不能正常進入女性生殖道，無法完成正常的精卵結合。常見的因素有心理性、血管性、內分泌性及其部分藥物性等因素引起的性功能障礙，這些因素往往導致不能完成正常的性交，或陽痿，或不射精，或將精子射入膀胱，總之無法將精子射入女性生殖道，無法完成精卵結合的基礎“工作任務”。
遺傳性疾病引起的男性不育癥有性染色體異常、常染色體畸變、減數分裂染色體異常等，一般表現為少精子或無精子，即使有精子發育也往往停滯于精母細胞水平，而不能繼續分化為精子。這樣的疾病，一般性功能屬于正常，沒有其他方面的明顯異常。
不可忽視的還有，放射線、部分金屬元素、部分藥物、酒精、農藥、化肥、不良環境、部分食物、部分不良習慣、過量吸煙等因素，也可影響睪丸生精上皮功能，引起精子數量減少或者質量下降，甚至出現無精子的病情，繼而導致不育。