對于慢性結腸炎的診斷，關鍵還是病理活檢或腸鏡確診才可以的，慢性非特異性結腸炎是一種原因未明的慢性結腸炎癥，病變主要在直腸粘膜及粘膜下層。多見于 20至40歲青壯年，慢性稍多，發病原因可能與大腦皮質功能障礙，植物神經功能紊亂及自身免疫等因素有關。
一般起病緩慢，病程較長，病情輕重不一。主要癥狀為慢性反復發作的腹瀉與排粘液血稀便并伴有腹痛。腹瀉一般每日數次，排出混有粘液和血性的糊狀軟鞭，重者每日可達十至數十次，排血水便。伴下腹或者左下腹陣發性絞痛，便后可緩解。有的患者還出現里急后重，上腹飽脹不適，惡心，嘔吐甚至肝硬變表現。重型患者則可出現發熱，脈搏增快，多關節炎，失水，或者電解質紊亂，甚至休克，昏迷等全身癥狀，久病者還可繼發貧血與消瘦。
體檢下腹部尤其是左下腹部有不同程度的壓痛，腸鳴音亢進。糞便檢查有大量紅細胞，白細胞，與膿細胞，但無特異性病原體，X線鋇餐劑灌腸，乙狀結腸鏡和纖維鏡檢查等可協助診斷。
本病須與菌痢相鑒別。后者排便量，膿血量較少，磺胺藥或抗生素療效佳。