一般來說對于慢性非特異性潰瘍性結腸炎的防治，要加強鍛煉，注意飲食衛生，積極治療各種腸道感染。對本病與預防作用。發作期適當休息，注意勞逸結合，保持心情舒暢，精神緊張者可使用鎮靜劑安定藥。飲食以柔軟，易消化并富含營養為原則，避免刺激食物。
選用有效抗菌藥物，以柳氮磺胺吡啶和柳氮二甲基嘧啶為佳，每日6至8克，分4次服，需長期服用。其它如口服鏈霉素，卡那霉素，土霉素，四環素，新霉素和黃連素等也可選用。同時使用激素，可選用促腎上腺皮質激素靜滴或強的松口服每次2.5至10毫克，每日3至4次，漸減至維持量，療程4至6周。腹痛，腹瀉明顯者可選用阿托品，顛茄，普魯本辛或6542等，貧血明顯者服硫酸亞鐵片，或肌注維生素B12，和右旋糖酐鐵等，出現腹水，酸中毒和電解質紊亂時應及早輸液糾正。
病情較重，上述治療少效者可送醫院作免疫遏制治療，選用左旋咪唑，轉移因子，色甘酸二鈉，硫唑嘌呤等藥物，有的患者尚需考慮手術治療。并且還需要定期的到醫院內科進行復查了解病情的恢復情況。