正常的瞬目過程是閉瞼肌(環形眼輪匝肌、皺眉肌和降眉肌)和開瞼肌(提上瞼肌和額肌)協同作用的結果。而瞼痙攣就是由于閉瞼和開瞼的協同功能失調所致。過去，許多醫生都認為，瞼痙攣是可能由精神因素引起的。他們通過觀察發現，長期的精神壓力可以觸發和加重瞼痙攣，并伴有精神性疾病的出現。同時，瞼痙攣作為一種慢性進展性疾病又可增加病人的精神焦慮和壓力。結果有些病人偶然很相信精神和行為方面的治療。一些病人的心理狀態、痙攣發作時古怪的自然現象及它的變化過程往往被曲解成瞼痙攣的精神性病因。
而現代醫學則認為眼瞼痙攣是神經系統的一種功能性疾病，可能是由多種因素所造成的。但其確切的發病機理至今尚不明了。
隨著新技術的誕生，國外對此病的發病機理展開了深入的研究，其中優秀，最有價值的理論就是利用腦干磁共振血管成像技術簡稱MRA，來觀察腦干部位的血管異常與面神經腦干的相互關系。發現其病因常為面神經在小腦橋腦角被血管或腫瘤壓迫，從而揭示出其真正的病因。
面神經出腦干段是中樞性(少突膠質細胞)和周圍性(雪旺氏細胞)髓鞘交匯處，易受血管壓迫激惹。面神經血管受壓迫和脫髓鞘變是引起眼瞼痙攣的兩個必要條件面神經運動的興奮性增高在眼瞼痙攣的發生中起著重要作用，也支持了瞼痙攣的病理生理基礎是面神經運動核興奮性增高的假說。