包涵體性結膜炎是一種性源性傳染性、急性或亞急性結膜炎。結膜刮片細胞組織學檢查，很像沙眼病理變化。為中性粒細胞反應，上皮細胞胞漿內可見衣原體包涵體，結膜涂擦標本雞胚卵黃囊或細胞培養分離出衣原體。單克隆抗體試盒免疫熒光染色、酶聯免疫吸附試驗、血清檢測及淚液抗體定量等均可作出診斷。
病原分離有和沙眼形態、生物特性都相同的衣原體，二者在抗原性上有所不同，沙眼衣原體為眼型，包涵體結膜炎是泌尿生殖型沙眼衣原體DEFGH血清型。二者在流行病學上也不同、沙眼是從眼到眼的傳染。包涵性結膜炎是泌尿生殖器的分泌物，新生兒經過產道感染和游泳池間接到眼的傳染。臨床上有兩種類型：分別是成人包涵體結膜炎和新生兒包涵體性結膜炎。伴有點狀角膜上皮炎。三四周后急性炎癥逐漸消退，充血浸潤減輕，但瞼結膜肥厚及縮小的濾泡仍持續存在三個月到六個月之久才能恢復正常，雨后結膜面不留瘢痕，亦無角膜血管翳。
成人全身治療可以口服紅霉素、四環素、磺胺制劑等，需要連續服藥3周。局部滴用利福平或磺胺醋酰鈉滴眼液。晚上加用紅霉素眼膏治療。新生兒在確診前應該按照新生兒淋菌性膿漏眼處理，確診后治療與成人相同。