結膜囊腫并不少見，主要由于先天、外傷、手術、慢性炎癥刺激，寄生蟲等原因引起。
先天性結膜囊腫較為少見，較小者見于結膜痣，痣本身含有小的透明囊腫。較大的結膜囊腫見于隱眼畸形，有很小的眼球并發有囊腫，隱于眶內或極小眼球附于大的囊腫后壁上。較小囊腫多存在下穹窿附近，大囊腫可充滿眼眶。
上皮植入性結膜囊腫，由于結膜外傷、手術等原因，結膜上皮植入到結膜下，這些上皮細胞增生成團，繼而在中央部分發生變性，形成囊腔，內充以透明液體，囊壁由上皮細胞組成，菲薄而透明，固定在鞏膜淺層不能移動，附近無炎癥反應。
上皮內生性結膜囊腫由于結膜長期慢性炎癥刺激、上皮細胞向內層生長，深入到結膜下組織。新生的上皮細胞團，中央部變性而形成囊腫，充以液體。囊腫好發于上瞼及穹窿部結膜，也見于淚阜、半月皺襞、下穹窿及下瞼結膜。
腺體滯留性結膜囊腫由于慢性炎癥浸潤刺激和瘢痕收縮，使結膜本身腺體的排泄口阻塞、封閉，腺體分泌物不能排出，滯留而形成囊腫。這種囊腫一般很小，多見于上穹窿部結膜，也可見于淚阜處。
寄生蟲性結膜囊腫，也屬于異物性囊腫，常見于豬囊尾蚴病患者。豬囊尾蚴可游走于結膜下，多位于下穹窿部及鼻側結膜，其它部位者少見。囊腫呈圓球形，周圍血管擴張，囊尾蚴可以游走，變動位置，強光刺激下可見蠕動。如囊尾蚴已經死亡，則結膜炎癥反應大。此病患者還可在四肢、軀干、頭部找到皮下結節。切開結膜后，囊尾蚴可自行排出。活的囊尾蚴呈圓球形，黃豆粒大小，可蠕動，并可見到頭節伸出。