并發癥和后遺癥的并發癥常見的有沙眼性上瞼下垂、瞼內翻倒睫、慢性淚囊炎、角膜潰瘍、瞼球后粘連和眼球干燥癥等。
沙眼性上瞼下垂：由于沙眼病變引起上瞼下垂有兩種情況，一是較早期沙眼病變廣泛、浸潤充血嚴重、乳頭濾泡眾多者，由于重力原因而上瞼輕度下垂、提舉困難。另一種是由于病變侵入到結膜及結膜下組織，病變及瘢痕損及米勒肌，致使瘢痕纖維化而喪失收縮能力，造成長期性上瞼下垂。
瞼內翻倒睫：是沙眼常見的嚴重合并癥。發生于二期、三期沙眼。沙眼病原體侵及靠近瞼緣附近的結膜和結膜下組織，當機體修復形成瘢痕時，瘢痕攣縮牽拉使睫毛改變了正常的生長方向，發生倒睫。沙眼病變侵及瞼結膜及瞼板，由于瘢痕收縮，瞼板變形縮短。
慢性淚囊炎：沙眼病變侵犯淚道系統，病變和瘢痕導致淚道阻塞和慢性淚囊炎。
角膜潰瘍：有三種形態：其一位于角膜血管翳前端的新月形潰瘍。其二發生在角膜血管翳之間的小圓形潰瘍，通常多靠近角膜緣，位置淺、圓形、散在單發或多發，長反復出現。其三發生在角膜中央部位的圓形淺層潰瘍。
眼球后粘連：沙眼病變造成的瞼球粘連是瞼球后粘連，不同于假性翼狀胬肉。侵及穹窿部結膜及結膜下組織的沙眼病變愈合結瘢痕后，瘢痕攣縮使穹窿部結膜縮短失去彈性，下穹窿更為明顯。
眼球干燥癥：沙眼病變嚴重破壞了結膜的分泌組織，副淚腺、杯狀細胞、瞼板腺，淚腺管口被阻塞，粘液、淚液和脂性物質的分泌排出均被毀，結膜角膜失去這些物質的濕潤保護而變干，失去光澤、單行降低而呈現灰白色混濁。角膜結膜上皮細胞變性增生，新生血管長入角膜，導致視力極度減退。