便秘在臨床上有很多中分類方式，但是主要的是應該分清器質性便秘和功能性便秘。常見有以下幾種分類：
按病程或起病方式，可分為急性便秘和慢性便秘；
按有無器質性病變，可分為器質性便秘和功能性便秘；
按糞塊積留的部位可分為結腸便秘和直腸便秘；
按結腸、直腸平滑肌功能狀態可分為弛緩性便秘和痙攣性便秘；
按便秘的病理生理基礎，可分為機械梗阻性便秘和動力性便秘；
按結腸通過時間檢查，動力性便秘可分為出口梗阻型便秘、結腸慢運輸型便秘、結腸通過正常型便秘和混合型便秘；
便秘也可分為原發性便秘和繼發性便秘。
（1）急性便秘。近期突然發生的便秘稱急性便秘，包括暫時性功能便秘和癥候性便秘。暫時性功能性便秘多由于生活環境的突然改變、一時性的情緒抑郁、進食過少等因素引起。一旦病因消除，便秘可自行痊愈。癥候性便秘屬于器質性便秘，由疾病引起，常突然發病，伴有其它一些癥狀，如劇烈腹痛、嘔吐等。此種急性便秘，多見于急性腸梗阻。這種情況應及時診斷與處理。
（2）慢性便秘。長時期的反復便秘稱為慢性便秘?？煞譃槠髻|性便秘和功能性便秘，好發于老年人及體弱多病的人。慢性便秘由于其便秘發生時間較長，對人體的危害較大，可以嚴重影響病人的生活質量，也可造成嚴重的后果。
（3）功能性便秘。由于生活規律改變、情緒抑郁、飲食因素、排便習慣不良、藥物作用等因素，導致胃腸功能性改變所引起的便秘，稱為功能性便秘。例如外出旅行的人，由于生活規律、周圍環境的改變，以及勞累等因素的影響，多會出現便秘，這種便秘則為功能性便秘；單純性便秘、腸道易激綜合征均屬功能性便秘；如病程在幾年以上又無變化者，也多提示為功能性便秘。
（4）器質性便秘。由于體內發生器質性病變，直接或間接影響腸道功能而引起的便秘，稱器質性便秘。例如腸梗阻、手術后并發的腸粘連、大腸良、惡性腫瘤、腹內巨大腫瘤如卵巢囊腫等疾病所引起的便秘，屬于器質性便秘。這種情況，便秘常常不是病人的單獨癥狀，大多數病人還會出現原發病的表現。器質性便秘的病人，必須針對原發病進行治療，部分便秘病人甚至需動手術，才能使便秘最終得到解決。
（5）結腸便秘。糞便滯留于結腸，稱結腸便秘。常發生在體質虛弱、并伴有內臟下垂者以及年老體衰、大病以后或體力下降者。
（6）直腸便秘。糞便滯留于直腸，稱直腸便秘。當糞便早已抵達直腸，但因為神經反應遲鈍，不能引發便意，使糞便在直腸內滯留過久而未被排出，所以又稱為排便困難。這種便秘多發生在無正常排便習慣、痔瘡、肛裂以及經常灌腸者。嚴重的直腸便秘，干燥堅硬的糞塊常在直腸內嵌塞，稱糞嵌塞。
（7）弛緩性便秘。因結腸、直腸平滑肌松弛，腸收縮無力，使食物殘渣在結腸中運行遲緩而發生的便秘，稱遲緩性便秘。
（8）痙攣性便秘。由于結腸運動過于強烈，引起結腸、直腸平滑肌痙攣，腸腔過于狹窄，使大便無法通過而引起的便秘，稱痙攣性便秘。如腸易激綜合征，由于精神神經因素等影響，可導致腸道平滑肌張力過高或結腸痙攣而引起便秘。
（9）機械梗阻性便秘。機械性便秘，多屬于器質性便秘，它是由于腸內或腸外的機械性梗阻，使腸內容物運行障礙所致。腸內梗阻常見于結腸癌，增殖型腸結核，腸扭轉等所致的腸道梗阻。腸外壓迫性梗阻常見于手術后腸粘連，結核性腹膜炎，妊娠等。這種便秘常伴有原發疾病的癥狀。
（10）出口梗阻型便秘。出口梗阻型便秘又稱功能性出口梗阻型便秘，與器質性疾病引起腸道機械性梗阻所致的便秘不同，常與直腸乙狀結腸連接處過度收縮、肛門直腸運動異常、直腸排便敏感性降低及肛門痙攣等因素有關。
（11）結腸慢輸出型便秘。結腸慢輸出型便秘大多為結腸無力，由于結腸動力降低及進餐后結腸的推進性運動降低或消失，使結腸內容物排空遲緩，而引起便秘；同時，腸內容物（糞便）中的水分被過度吸收，以致糞便干結，加重了便秘。
（12）結腸通過正常型便秘。此類便秘占少數，腸內容物在結腸內的通過時間正常，便秘主要與直腸對排便感受器的閾值增加有關。
（13）混合型便秘。混合型便秘是指有結腸通過緩慢和排出阻滯同時存在所引起的便秘。
（14）原發性便秘。原發性便秘是指無器質性疾病存在而引起的便秘。功能性便秘、單純性便秘和特發性便秘均屬原發性便秘。
1.單純性便秘：常見于進食過少、食物殘渣不足，由于缺乏纖維，對結腸運動的刺激減少；排便習慣受到干擾，由于精神因素、生活規律改變、長途旅行等而忽視日常便意，未能及時排便；濫用強瀉藥，使腸道的敏感性減弱，形成對瀉藥的依賴性。
2.特發性便秘：無器質性疾病存在，而病因至今還不清楚的頑固性便秘，又稱為特發性便秘。
（15）繼發性便秘。繼發性便秘原因很多，常繼發于腸道內疾病和腸疾病而引起的便秘，器質性便秘屬于繼發性便秘。
（16）習慣性便秘。是指長期的、慢性功能性便秘，多見于老年人。